Nahe der heutigen Butendieker Brücke gab es schon lange eine wichtige Furt, die Bremen und das Gebiet jenseits der Wümme verband. Sie ermöglichte den wirtschaftlichen Austausch zwischen den Geestgemeinden und Bremen. Geschützt wurde sie von einer Burg in Borgfeld, die dem Erzbischof unterstand.Dieses war eine ideale Stelle für ein Kloster, so konnte man an dieser schwierigen Stelle und vor der Weiterreise ins gefährliche Umland noch einmal beten und rasten.
Am 25. März 1230, dem Tag der Verkündung Mariae, legte nach einem Bericht von 1270 der Erzbischof Gerhard II. den Grundstein zum Altar der ersten Kirche, einer Holzkirche.
Zwei Jahre später, am 25. März 1232, stellte der Erzbischof die Gründungsurkunde für das Zisterzienserinnen-Kloster vallis liliorum aus. Die Zisterzienser genossen einen guten Ruf bei der Erschließung von Ödgebieten. Dies ist somit auch das Geburtsdatum Lilienthals.
Wo genau die erste Holzkirche errichtet wurde ist nicht klar zu belegen. Hierüber gibt es nur Vermutungen. Drei Plätze bieten sich an:
im Bereich der Siedlung Trupe
im Bereich der Höge in Frankenburg am alten Wörpelauf
oder eben am heutigen Standort der Klosterkirche.